En 1898, sous l'impulsion du Major Auguste Lambert, les quatre sociétés de cavalerie du canton de Neuchâtel – la Société de Cavalerie de La Chaux-de-Fonds, la Société de Cavalerie du Val-de-Ruz, la Société de Cavalerie du Val-de-Travers et la Société de Cavalerie du Vignoble – ont fondé la Société Cantonale Neuchâteloise de Cavalerie. L'Assemblée constitutive, réunie le 4 décembre 1898 à l'hôtel de la Côte à Auvernier, élit Auguste Lambert à la présidence. 

Lors de sa création, la Société Cantonale Neuchâteloise de Cavalerie se fixait les buts suivants :

Au fil des décennies, la Cantonale, comme la surnommait ses membres, s'efforce de défendre les intérêts de ses membres. Elle défend une équitation de qualité, en mettant notamment en place des formations destinés aux membres de la cavalerie.

En 1905, les rangs de la Cantonale s'agrandissent pour la première fois, puisque la nouvelle Société de Cavalerie du Locle demande l'adhésion et est acceptée parmi les membres de la Cantonale.

Premier changement de présidence

En 1933, l'unique président de la Cantonale pendant 35 ans, le colonel Auguste Lambert, alors âgé de 75 ans, demande à l'Assemblée générale de le remplacer. Une Assemblée extraordinaire, réunie le 10 décembre 1933, élit le Major Charles Ulrich comme successeur d'Auguste Lambert. Charles Ulrich officiait déjà depuis plusieurs années comme chef du secrétariat des courses. Il restera président de la Cantonale pendant 20 ans.

Le déclin de la Cavalerie

Dans les années 50 déjà, sous la présidence de Robert Carbonnier, les procès-verbaux attestent des difficultés de recrutement de la cavalerie. Dans les années 60 et jusqu'en 1972, les présidents François Berthoud et Jean Kipfer s'efforcent de défendre une cavalerie de plus en plus attaqué. Mais en 1972 la décision est prise, malgré une forte mobilisation : l'armée suisse supprime les régiments montés.

L'avénement de l'équitation civile

En 1976, Pierre Dolder remplace Jean Kipfer à la tête de la Cantonale. Le nouveau comité mettra en place le Championnat neuchâtelois de Saut pour remplacer le Championnat neuchâtelois et jurassien des Dragons. La même année un Championnat neuchâtelois de Dressage voit également le jour.

En 1987, le comité de Pierre Dolder innove avec des épreuves de saut libres jugées sur la base du style. Le but est d'améliorer l'équitation des candidats à la licence. D'abord accueillie avec scepticisme, ces épreuves finissent par faire l'unanimité et seront même étendue à toute la Suisse romande. Dès 1994, la Fédération Suisse des Sports Équestres permettra l'obtention de la licence de saut régionale sur la base des résultats obtenus dans les épreuves de style.

La Cantonale s'agrandit

En 1969 la Cantonale passait de 5 sociétés à six. Cette augmentation est cependant le résultat d'une scission. En effet la Société de cavalerie du Vignoble,  devenue trop grande, décide de se scinder en deux pour former la Société de Cavalerie de la Béroche pour la partie est du Vignoble et la Société Hippique de Neuchâtel pour la partie est.

En 1977 la première société « civile » rejoint les rangs de la Cantonale : il s'agit de l'Association du Centre Équestre de Fenin (ACEF). Elle sera suivi du Club de l'Étrier (qui deviendra le Club Hippique du Vanel par la suite) et la Société Hippique de Planeyse (plus tard renommée Société Hippique de Cudret-Planeyse) en 1978. En 1979 c'est la Société Hippique de Lignières qui adhère à la Cantonale, portant ainsi à dix le nombre de section au début des années 80.  En 1987 nouvelle adhésion avec le Club des Amis du centre équestre de La Chaux-de-Fonds.

Changement de nom

En 1995, Thierry Johner, le nouveau président de la Cantonale suggère une réflexion sur le nom de la société. Plusieurs sociétés hippiques ont rejoins les rangs des sociétés de cavalerie – membres fondateurs de la Cantonale – et la fin de la cavalerie de l'Armée Suisse n'est plus toute récente.

De nombreuses propositions sont étudiées, mais ce sera finalement l'appellation Association Équestre Neuchâteloise qui l'emporte. Ce changement de nom est entériné lors de l'Assemblée générale de 1997.

De nouvelles adhésions et une démission

En 1995 la Cantonale accueille parmi ses membres le Club des Amis du manège de la Rincieure ; et en 1998 la Société Neuchâteloise d'Attelage. En 2002 c'est deux sociétés qui rejoignent l'AEN : le Club Équestre du Domaine du Maley et le Gebsonn Club ; puis en 2005 le Syndicat neuchâtelois d'élevage Demi-Sang. En 2006, suite à la vente du manège de la Rincieure, le Club de Amis du manège démissionne de l'AEN.

Des années turbulentes

En 2008, des divergences au sein du comité cantonal, poussent le président Raoul Buchwalder à démissionner avec effet immédiat. Son vice-président ne souhaite pas assumer la charge de la présidence dans le climat actuel. Il assumera cependant une présidence ad intérim jusqu'à ce que l'assemblée lui trouve un remplacement.

C'est un petit comité, composé du président d'honneur Pierre Dolder, du membre d'honneur William Helzingre et d'un ancien membre du comité Daniel Schneider, qui trouveront l'homme de la situation : Jean-Marc Terrier. Notaire au Val-de-Ruz et cavalier de longue date, il saura ramener un climat constructif au comité cantonal.

Nouveaux championnats de saut

Le nouveau comité de Jean-Marc Terrier innove et remplace en 2012 le Championnat neuchâtelois de saut R par trois nouveaux Championnats de saut :

• un Championnat B (qui deviendra le Championnat B/R) pour les cavaliers en possession du brevet de cavalier ;
• un Championnat R d'une hauteur de 115 cm pour les cavaliers régionaux ;
• un Championnat R/N sur deux hauteurs : 125 et 135 cm, pour les cavaliers régionaux et nationaux.

Des sociétés arrivent, d'autres s'en vont

Entre 2009 et 2020, l'AEN accueillera pas moins de six nouvelles sociétés :

• L'Amicale du Mont-Cornu en 2009 ;
• Le Club de Voltige de Montmirail en 2011 ;
• L'Amicale des Verrières en 2013 ;
• Colombier Voltige en et la Société d'Équitation du Soufflet en 2018 ;
• et la Société Hippique de la Corbatière en 2020.

Deux sociétés quittent l'AEN durant la même période : l'Amicale du Mont-Cornu en 2014, après cinq ans seulement ; et le Club Hippique du Vanel (anciennement Club de l'Étrier) après 35 ans ! En 2020, l'AEN devra exclure une de ses sociétés fondatrice, la Société de Cavalerie du Val-de-Travers n'ayant pas donner signe de vie depuis plusieurs années.

Nouveaux championnats de dressage

En 2020, le comité de l'AEN propose de nouvelles formules pour les championnats neuchâtelois de dressage. Afin d'attirer plus de monde, l'AEN proposera dès 2021 deux finales de dressage : l'une destinée aux cavaliers non licenciés et l'autre aux cavaliers licenciés. Le but de cette nouvelle formule est d'offrir plus de possibilités aux amateurs du dressage et de redynamiser un championnat en perte de vitesse depuis quelques années.